EC・ネットショップ運営者の確定申告ガイド

EC・ネットショップ運営は、店舗を持たずに始められる分、確定申告で押さえるべきポイントが独特です。プラットフォームの手数料、送料の扱い、在庫の評価方法など、実店舗の業種とは異なる会計処理が必要になります。この記事では、EC・ネットショップ運営者が確定申告で特に注意すべき点を解説します。

プラットフォーム手数料は「総額」で売上を計上する

Amazon・楽天・BASEなどのECプラットフォームは、決済手数料やモール利用料を差し引いた金額を入金する仕組みになっていることがほとんどです。ここで注意したいのが、売上高は手数料が差し引かれる前の総額で計上し、差し引かれた手数料は別途「支払手数料」として経費計上するという原則です。

入金された金額（手数料差引後）をそのまま売上として計上してしまうと、最終的な利益は同じでも、売上高そのものが実態より小さく見えてしまいます。売上高は消費税の課税事業者判定（基準期間の課税売上高1,000万円ライン）にも関わる数字なので、総額と手数料を分けて記録する習慣をつけてください。プラットフォームの管理画面から手数料明細をダウンロードし、月ごとに整理しておくと確定申告がスムーズです。

送料は「誰が負担しているか」で経費の扱いが変わる

送料の処理は、お客様から送料を受け取っているかどうかで考え方が変わります。お客様から送料込みの金額を受け取っている場合は、その送料分も売上高に含めて計上し、実際に発送業者へ支払った送料は「荷造運賃」として経費計上します。自己負担で送料無料にしている場合も、支払った送料は同様に荷造運賃として経費になります。どちらの場合も、送料を売上と経費の両方から二重に見落とす、あるいは二重に計上することがないよう、仕訳のルールを最初に決めておくことが重要です。

期末の在庫は「棚卸資産」として売上原価から除外する

EC・物販事業で特に見落とされやすいのが、在庫の扱いです。仕入れた商品は、支払った時点で全額が経費になるわけではありません。年末（12月31日）時点で売れ残っている商品は棚卸資産として、その年の売上原価から除外する必要があります。

売上原価 ＝ 期首の在庫金額 ＋ その年の仕入高 － 期末の在庫金額

期末在庫の評価方法は、原則として「最終仕入原価法」を使います。これは、すべての在庫商品について「その商品を最後に仕入れた時の単価」で評価する方法です。売れ行きが悪い商品だからといって、根拠なく評価額を大きく下げる（0円に近づける）ことは認められません。破損・型落ち・季節外れなどで実際に価値が下がっている場合は、その事実を写真や廃棄記録として残し、評価減の根拠を説明できるようにしておいてください。

海外との取引がある場合は消費税の扱いに注意する

越境ECなど、海外のお客様に販売する取引がある場合、消費税の扱いが国内取引とは異なります。海外のお客様への販売は消費税の課税対象外（輸出免税）となるため、その売上には消費税がかかりません。一方で、国内で商品を仕入れる際に支払った消費税は「仕入税額控除」の対象になり得るため、条件を満たす課税事業者であれば還付を受けられる場合があります。海外取引の比率が高い場合は、消費税の還付制度を活用できるかどうか、税理士に確認しておくことをおすすめします。

小売店・物販業の利益率の目安と在庫管理の考え方については、こちらの記事でも詳しく解説しています。

→ 小売店・物販　在庫管理と利益率の目安

確定申告全体の流れについては、こちらの記事で解説しています。

→ 確定申告の基本的な流れと準備すること

EC運営の経理で迷ったら

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まとめ

• プラットフォーム手数料は売上から引かず、総額を売上高・手数料を経費として別々に計上する
• 送料は誰が負担しているかに関わらず、受け取った分は売上に、支払った分は荷造運賃として経費に計上する
• 期末に売れ残っている在庫は棚卸資産として売上原価から除外する（最終仕入原価法が原則）
• 売れにくい在庫でも根拠なく評価額を下げることはできない——写真や廃棄記録を残す
• 海外取引がある場合、消費税の還付制度が使えるかどうかを確認する価値がある

EC・ネットショップの確定申告は、手数料・送料・在庫という3つのポイントを押さえるだけで、精度が大きく上がります。まず自分の店舗の売上と手数料を、総額で記録できているか確認するところから始めてみてください。